Historisch gezien kwam degradatie van leguaan leefgebied het meeste voor in de lage delen van het eiland. Deze delen werden systematisch vrijgemaakt voor landbouw doeleinden. Inmiddels hebben toerisme en de economische groei de overhand gekregen op St. Eustatius waardoor (kust)ontwikkeling de overgebleven leefgebieden heeft aangetast. Met als gevolg dat ook de hoeveelheid potentiële nest-gebieden voor de leguaan zijn afgenomen (Day et al. 2000). Door ontwikkelen en aanleg van wegen komen nu verkeersslachtoffers regelmatig voor aan de kust wegen welke het leefgebied van de leguaan splitsen.
De Inheemse Antilliaanse Leguaan wordt bedreigd door een reeks van geïntroduceerde (roof)dieren. Predatie door zowel katten en honden is een groot probleem. Bekend is dat volwassen leguanen worden gedood door waakhonden welke vrij rondlopen binnen privé terreinen. Leguanen maken gebruik van dergelijke terreinen om aan hun voedsel te komen.
Ook loslopende vee vormt een erg groot probleem op St. Eustatius. Met name geiten en koeien geven de grootste zorg. Uitgebreide begrazing verschuift de samenstelling van plantensoorten en tast de structuur van het leefgebied aan. Een andere bedreiging is de voortdurende belasting op natuurlijke vegetatie te wijten aan de verspreiding van invasieve exoten, met name de Mexicaanse Creeper (Antigonon sp.). Deze is voor zowel geiten als leguanen onverteerbaar (Fogarty et al., 2004; Debrot et al., 2013) .
Stropen is waarschijnlijk een probleem van kleine orde. Vooral omdat de populatiedichtheid zo laag is dat het de inspanning om te stropen niet loont. Andere opmerkelijke oorzaken van leguaan sterfte zijn verhongering (of verdrinking) in verlaten waterputten en verstrikking in hekwerken van onder meer tuinomheining.
Verdringing door de concurrentie en hybridisatie met de gemeenschappelijke gewone Groene Leguaan (I. iguana) lijkt de dominante factor in het verdwijnen van de Inheemse Antilliaanse Leguaan in de Kleine Antillen. Dit proces verloopt snel en de daaropvolgende populatie afnamen is al waargenomen op tal van eilanden in de Kleine Antillen. Inmiddels is er een groene leguaan ontdekt op St. Eustatius en ook zes hybriden leguanen. Dit kan nu worden gezien als de grootste bedreiging voor I. delicatissima. Het invoeren van de Groene Leguaan moet op alle fronten worden voorkomen.
Overzicht
Gedocumenteerde dode en met leven bedreigde leguanen op St. Eustatius, april-december 2012 (bron: Debrot et al. 2014, Herpetological Review 45(1), p129)
Honden: 10 dood, 1 gered
Verkeer: 3 dood, 0 gered
Waterputten: 1 dood, 4 gered
Hekwerken: 0 dood, 6 gered
Stropen: 2 dood, 0 gered
Onbekend: 1 dood, 0 gered
Totaal 28 dieren in 2012.